Настройка этих типов комиссий нужна, чтобы в разделе Заказы суммы рассчитывались корректно.
Например, если агрегатор взимает с каждого заказа фиксированную или процентную комиссию, вы можете задать её. Тогда в Заказах комиссия будет учитываться автоматически, и итоговые цифры сойдутся.
Настройка происходит по аналогии с Наценкой (процент повышения цены).